L’etá medievale
Le invasioni barbariche, la crisi dell'agricoltura e gli eventi climatici di carattere straordinario, provocarono notevoli variazioni del territorio: scomparirono importanti centri abitati, vennero cancellati interi tracciati delle strade consiliari romane. Intorno al VI secolo ebbe origine il secondo grande dosso fluviale del Reno, vicino all'odierna Bertalia. Nello stesso periodo sono collocabili eventi alluvionali di notevoli proporzioni, tanto é vero che il piano viabile romano della via Emilia a Bologna é oggi interrato di quasi 2,5 m. L'attivitá del nuovo Reno, si sviluppó in direzione di Trebbo, Casadio, Malacappa e Castel d'Argile, passando immediatamente a destra di Pieve di Cento.
Nel territorio della Bassa Padana, i primi a realizzare interventi di bonifica e di difesa idraulica furono i Benedettini, che, con modeste arginature e rudimentali opere di regolazione, iniziarono nel X secolo la bonifica dell'Isola Pompos (territorio fra Goro, Volano ed il mare). I lavori erano affidati alle popolazioni, con le quali i Benedettini stipulavano contratti di enfiteusi dalla durata lunghissima ed anche ereditaria, ma con l'obbligo di manutenere i canali e le opere realizzate. Altri contratti erano il patto agrario, con durata tra i 50 e i 70 anni, ed il terratico, con beni in natura o in denaro. Delle opere dei Benedettini resta segno nelle pievi, che ancora sorgono sul territorio bonificato, come Argenta, Nonantola e Pomposa.
Nell'Alto Medio Evo era dominante un rapporto pattizio tra l'Autoritá costituita, che aveva realizzato le opere principali, e il singolo privato. È probabile che anche nel territorio di Bologna fossero diffuse le stesse consuetudini di cui esiste documentazione nei territori di Nonantola e Pomposa, dove le abbazie benedettine davano i terreni bonificati in uso ai privati, con contratti di enfiteusi o di livello, nei quali era espresso l'obbligo del concessionario di mantenere i canali e i manufatti di regolazione delle acque e, quasi sempre, di migliorare i terreni con opere di sistemazione.
Cenni in proposito si trovano negli Statuti Bolognesi del XIII secolo e nello Statuto Ferrarese di Obizzo d'Este, dello stesso periodo. Piú avanti, col costituirsi di nuove forme di Autoritá politica, in particolare le Signorie, i rapporti pattizi furono superati e il costo delle opere di bonifica fu trasformato in un contributo fiscale o parafiscale.
L'equilibrio del sistema idraulico della pianura fu sconvolto dalle grandi rotte del Po a Ficarolo, nel 1152 e nel 1192. Il Po si aprí un nuovo alveo, chiamato Po Grande e Po di Venezia, con un corso piú ampio, piú breve e piú veloce (perchè con maggiore pendenza) verso il mare. Le acque confluenti nel ramo che poi si divideva in Volano e Primaro diminuirono fortemente e si ebbe, come conseguenza, un calo delle acque paludose in destra del Primaro e la riduzione della Padusa. I corsi d'acqua appenninici si avvicinarono sempre piú al Primaro. L'economia fluviale di importanti centri come Argenta si trasformó in economia rurale e valliva.
Altri eventi traumatici che coinvolgevano il corso del Reno sconvolsero la vita della pianura: la Rotta di Voltareno, attorno alla metá del 1000, l'alluvione di Argelato nel 1220, la diversione che nel 1240 condusse il Reno fino all'immissione nel Panaro. Alla fine del '200, una grande alluvione causó la distruzione del ponte di Casalecchio, con rotte di argini e allagamento di campagne. Dopo la rotta di Ficarolo il delta si sviluppó solo a Nord, sospinto dalle torbide del Po Grande. Ció indusse la cittá di Bologna ad arginare i fiumi e ad immetterli nel Po di Primaro, liberando dalle acque vaste zone nella bassa.
Nel XV secolo furono inalveati Santerno, Lamone, Senio, Sillaro, Quaderna, Gaiana e Savena. Nel 1522 il Reno fu immesso a monte della cittá di Ferrara: ció portó gravi conseguenze per la cittá. Le acque del Reno provocarono l'interrimento del Po di Primaro. Gli sforzi di escavazione dell'alveo, gli Estensi prima e il governo Pontificio poi (la Grande Escavazione Clementina), non ristabilirono l'equilibrio perduto. Tant'é che alla fine del secolo XVI, i fiumi e torrenti appenninici immessi nel Primaro furono disalveati, e la palude occupó di nuovo le aree che erano state messe a coltura. Questa volta il danno economico colpí il territorio bolognese e comportó, fra l'altro, l'interruzione della navigazione diretta tra Bologna e Ferrara, attraverso il Canale Navile.
